Η Μονή Αρκαδίου στο Ρέθυμνο είναι ένα από τα ιστορικότερα μοναστήρια της Κρήτης διπλά στο γνωστό Αρκαδιώτικο φαράγγι.
Η πιο ρεαλιστική εκδοχή αναφορικά με την ίδρυση της Μονής, σύμφωνα με τα αρχαιολογικά και τα ιστορικά δεδομένα που έχουν προκύψει, είναι ότι το μοναστήρι ιδρύθηκε στις αρχές του 16ου αιώνα και άνηκε στην οικογένεια των Καλλεργών.
Αρχικά, μάλιστα, η Μονή φέρεται να ήταν αφιερωμένη στους Αγίους Κωνσταντίνο και Ελένη. Ερείπια του αρχικού ναού διατηρούνται στο βορειοδυτικό τμήμα της Μονής. Το 1672 η Μονή, με εντολή του Ματθαίου Καλλέργη, μετατράπηκε σε κοινόβιο και άρχισε άμεσα η ανοικοδόμηση του μεγάλου δίκλιτου καθολικού, του οποίου το νότιο κλίτος αφιερώθηκε στην Μεταμόρφωση του Σωτήρος.
Η ιστορική Μονή, ωστόσο, υπέστη σε πολλές περιπτώσεις λεηλασίες από τους Οθωμανούς, κατά την διάρκεια της τουρκοκρατίας, και δικαίως έγινε σύμβολο του αγώνα των Κρητικών για ελευθερία. Το 1646 οι Τούρκοι πυρπόλησαν τη Μονή αμέσως μετά την κατάληψη του Ρεθύμνου, ενώ και το 1821 το μοναστήρι λεηλατήθηκε, αυτή την φορά από ντόπιους μουσουλμάνους, με αποτέλεσμα να καταστραφούν ιστορικά κειμήλια και έγγραφα της εποχής.
Το 1866, ωστόσο, η Μονή Αρκαδίου έγινε το επίκεντρο της επανάστασης των Κρητικών. Μετά από τριήμερη πολιορκία και την ηγετική καθοδήγηση του ηγουμένου της Μονής Γαβριήλ, ο Κωστής Γιαμπουδάκης ανατίναξε την πυριτιδαποθήκη, προχωρώντας σε μία κίνηση αυτοθυσίας στον αγώνα για την ελευθερία. Το ολοκαύτωμα του Αρκαδίου, το 1866, έχει μείνει στην ιστορία και εορτάζεται κάθε χρόνο με τιμές από κατοίκους, φορείς και αρχές της περιοχής.
Οι επισκέπτες της Μονής έχουν τη δυνατότητα να ξεναγηθούν και να περιηγηθούν στον μουσειακό χώρο μέσα στον οποίο έχουν διαφυλαχθεί χρυσοκέντητα άμφια -πολλοί μοναχοί κατά τα πρώτα χρόνια της Μονής είχαν ως κύρια ασχολία τη συγκεκριμένη τέχνη- και σημαντικές εικόνες του 16ου και 17ου αιώνα. Στο μουσείο εκτίθεται και το ιστορικό λάβαρο της Μονής, καθώς και αντικείμενα ανεκτίμητης αξίας που συνδέονται με το ολοκαύτωμα του 1866.